Các ngôn ngữ Nam Đảo có kết cấu nột bộ phức tạp. Ngữ hệ gồm có nhiều ngôn ngữ tương tự và có liên hệ chặt chẽ với một số lượng lớn các phương ngữ liên tục, khiến việc xác định ranh giới ngôn ngữ giữa các nhánh gặp khó khăn. Tuy nhiên, có điều rõ ràng là tính đa dạng lớn nhất trong phả hệ ngôn ngữ là nhóm ngôn ngữ Formosa tại Đài Loan, và đây cũng là đảo có ngôn ngữ đa dạng nhất tại Thái Bình Dương, điều này ủng hộ luận điểm ngữ hệ Nam Đảo bắt nguồn từ Đài Loan hay Trung Quốc đại lục. Phân loại toàn diện đầu tiên để phản ánh điều này là Dyen (1965).

Các bài viết chuyên đề về việc phân loại các ngôn ngữ Formosa và, bằng cách mở rộng, cấu trúc cấp cao nhất của Ngữ hệ Nam Đảo—là Blust (1999). Các học giả chuyên nghiên cứu về ngôn ngữ Formosa còn tranh luận về một số đặc điểm, và vẫn còn là vấn đề để các nhà ngôn ngữ học hiện đại nghiên cứu. Nhóm ngôn ngữ Malayo-Polynesia thường được xếp vào trong nhánh Đông Formosa của Blust do chúng chia sẻ việc đồng nhất âm Nam Đảo nguyên thủy *t, *C thành /t/ và *n, *N thành /n/, chúng thay đổi *S thành /h/, và các tư vựng như *lima "năm" mà không được chứng thực trong các ngôn ngữ Formosa khác.

Có vẻ như đã có hai cuộc di cư vĩ đại của ngôn ngữ Nam Đảo và nó đã nhanh chóng bao phủ một khu vực rộng lớn. Đầu tiên là nhóm ngôn ngữ Malayo-Polynesia phân bố đến Philippines, Indonesia, và Melanesia. Các ngôn ngữ thuộc nhóm ngôn ngữ Trung Malayo-Polynesia cũng tương tự như nhau sau không phải vì mối quan hệ phả hệ chặt chẽ, mà bởi chúng phản ánh sự tác động nền tảng mạnh mẽ của các ngôn ngữ phi Nam Đảo. Cuộc di cư thứ hai là các ngôn ngữ châu Đại Dương mở rộng đến Polynesia và Micronesia(Greenhill, Blust & Gray 2008).

Ngoài Malayo-Polynesia, mười ba nhóm ngôn ngữ Formosa được chấp thuận rộng rãi. Cuộc tranh luận giữa các nhà ngôn ngữ học chủ yếu xoay quanh mối quan hệ giữ các ngữ hệ này. Trong một số phương pháp phân loại được trình bày trong bài, Blust (1999) liên kết hai ngữ hệ vào nhóm Đồng bằng phía Tây, hai hệ nữa vào nhóm Tây Bắc Formosa, và ba hệ nữa vào nhóm Đông Formosa, trong khi Lý Nhâm Quý (2008) liên kết năm hệ vào một nhóm Bắc Formosa. Cơ sở dữ liệu từ vựng cơ bản Nam Đảo (2008) chấp thuận nhóm phía Bắc, từ chối nhóm phía Đông, liên kết Tsou và Rukai (hai ngôn ngữ khác nhau khá lớn), và liên kết nhóm Malayo-Polynesia với nhóm Paiwan thành nhóm Paiwan. Ross (2009) chia tách nhóm Tsou, và lưu ý rằng Tsou, Rukai, và Puyama nằm ngoài việc phục dựng lại tiếng Nam Đảo nguyên thủy.

Các nghiên cứu khác trình bày về bằng chứng âm vị học để bác bỏ việc nhóm Paiwan gồm Paiwan, Puyuma, Bunun, Amis, và Malayo-Polynesia, song điều này không được phản ánh trong từ vựng. Những người nói tiếng Đông Formosa như Basay, Kavalan, và Amis cùng chia sẻ một câu chuyện rằng họ có nguồn gốc từ một hòn đảo gọi là Sinasay hay Sanasay (Li 2004). Người Ami, đặc biệt, vẫn duy trì quan niệm rằng họ đến từ phía đông, và bị người Puyuma đối xử như là một nhóm phục tùng (Taylor 1888).[3]

Blust (1999)

Các ngôn ngữ bản địa tại Đài Loan trước khi bị người Hán chinh phục, theo Blust (1999).Nam Đảo

(theo chiều kim đồng hồ từ tây nam)

• Tsou
• Saaroa
• Kanakanabu

• Thao (AKA Sao. Các phương ngữ Brawbaw, Shtafari)
• Các đồng bằng Trung tâm phía Tây
  • Babuza (Taokas, các phương ngữ Poavosa; tiếng Favorlang cũ)
  • Papora-Hoanya (các phương ngữ Papora, Hoanya)

• Saisiyat (Taai, các phương ngữ Tungho)
• Pazeh (hay Kulun)

• Atayal
• Seediq (AKA Truku, Taroko)

• miền Bắc (Kavalan)
  • Basay (Trobiawan, các phương ngữ Linaw–Qauqaut)
  • Kavalan
  • Ketagalan hay Ketangalan
• Trung (Amis)
  • Amis
  • Nataoran (Bắc Amis)
  • Sakizaya
• Siraya

• (Mantauran, Tona, và các phương ngữ Maga bị phân tách)

Lý Nhâm Quý (2008)

Cách phân loại của Lý giữ lại nhóm Đông Formosa của Blust, và kết hợp hai ngữ hệ miền Bắc khác. Lý Nhâm Quý đề xuất một tổ tiên ngôn ngữ Formosa nguyên thủy (F0) tương đương với Nam Đảo nguyên thủy (PAN), theo mô hình của Starosta (1995).[4][5] Rukai và Tsou được xem là rất khác biệt,[4] mặc dù vị trí của nhóm Rukai là điều gây tranh cãi.[6]

• F0: Formosa = Nam Đảo
  •   Rukai
    • Mantauran
    • Maga–Tona, Budai–Labuan–Taromak
  • F1
    •   Trung (Tsou)
      • Tsou
      • Nam Tsou
        • Saaroa
        • Kanakanabu
    • F2
      •   Bắc Formosa
        • Tây Bắc (Đồng bằng)
          • Saisiyat–Kulon–Pazeh
          • Tây
            • Thao
            • Bờ biển phía Tây (Papora–Hoanya–Babuza–Taokas)
        • Atayal
          • Squliq Atayal
          • Ts'ole' Atayal (= C'uli')
          • Seediq
      •   Đông Formosa
        • Kavalan–Basay
        • Siraya–Amis
      • ? Nam [không chắc chắn]
        •   Bunun
          • Isbukun
          • Bắc và Trung (Takitudu và Takbanuao)
        •   Paiwan–Puyuma [không chắc chắn]

Cơ sở dữ liệu từ vựng cơ bản Nam Đảo (2008)

Các ngôn ngữ bản địa tại Đài Loan trước khi bị người Hán chinh phục, theo Austronesian Basic Vocabulary Database (Greenhill, Blust & Gray 2008).

Nghiên cứu này giữ nhóm Bắc Formosa của Lý Nhâm Quý, song tách nhóm Đông Formosa của Blust, và đề xuất Paiwan có thể là nhóm gần nhất với Malayo-Polynesia. Nó cũng kết hợp Tsou và Rukai, hai ngôn ngữ khác biệt nhất theo Lý Nhâm Quý.

Nam Đảo

• Basay (Trobiawan, các phương ngữ Linaw–Qauqaut)
• Kavalan
• Ketagalan

• Thao (hay Sao. Brawbaw, các phương ngữ Shtafari)
• Đồng bằng phía Tây
  • Babuza (AKA Favorlang.Taokas, Poavosa)
  • Papora-Hoanya (Các phương ngữ Papora, Hoanya)
• Saisiyat (vác phương ngữ Taai, Tungho)
• Pazeh (AKA Kulun)
• Atayal
  • Atayal (Squliq, C’uli’)
  • Seediq (AKA Truku, Taroko)

• Sakizaya
• Nataoran (Bắc Amis)
• Amis

• Bunun

• Tsou
  • Tsou
  • Saaroa
  • Kanakanabu
• Rukai

• Siraya (các phương ngữ Taivoan, Makatao)

• Puyuma

• Paiwan
• Malayo-Polynesia

Ross (2009)

Các nhóm ngôn ngữ Formosa tại Đài Loan trước khi người Hán chinh phục, theo Ross (2009).

Năm 2009, Malcolm Ross đã đề xuất một cách phân loại mới cho Ngữ hệ Nam Đảo dựa trên bằng chứng hình thái học từ các ngôn ngữ Formosa khác nhau.[7] Ông đề xuất rằng hiện nay thì việc tái dựng ngôn ngữ Nam Đảo nguyên thủy thực sự tương ứng với một giai đoạn trung gian, mà ông gọi với thuật ngữ "Nam Đảo hạt nhân nguyên thủy". Đáng chú ý, cách phân loại của Ross không ủng hộ tính thống nhất của nhóm ngôn ngữ Tsou, thay vào đó, ông coi nhóm ngôn ngữ Nam Tsou gồm Kanakanavu và Saaroa là một nhánh riêng biệt. Điều này ủng hộ tuyên bố của Chang (2006) rằng Tsou không phải là một nhóm hợp lý.[8]

Nam Đảo

• (các phương ngữ Mantauran và Tona–Maga phân biệt)